Um bravo guerreiro ninja chamado Kyoto se alistou na divisão secreta de seu país. Sua tarefa é eliminar os chefes da máfia. Hoje no jogo Stealth Master 3D você o ajudará a realizar várias tarefas. À sua frente, na tela, você verá o seu personagem, que está na sala do prédio com uma arma nas mãos. Guardas armados andarão pelo chão. Você usará as teclas de controle para controlar as ações de seu personagem. Você precisará certificar-se de que ele se aproximou furtivamente do inimigo e apunhalou-o com sua espada. Assim, você matará o inimigo e ganhará pontos por isso. Sua tarefa é limpar todo o andar dos guardas dessa forma e matar o chefe.