Um bravo samurai chamado Kyoto vive no mundo dos pixels. Hoje, nosso herói deve viajar para áreas remotas de seu país e lutar contra vários criminosos lá. Você no jogo Pixel Samurai irá ajudá-lo nisso. Seu samurai ficará visível na tela à sua frente, que está localizada em uma determinada área. Usando as teclas de controle, você o fará correr para frente. Observe a tela com atenção. No caminho do seu herói aparecerão vários tipos de obstáculos e buracos no chão. Quando seu personagem estiver a uma certa distância desta área perigosa, você terá que fazê-lo pular. Assim, seu herói irá voar pelo ar através deste perigo e poderá continuar seu caminho.