Em um futuro distante, os zumbis apareceram no mundo dos pixels após uma série de cataclismos e guerras. Agora, hordas de mortos-vivos caçam os sobreviventes. Em Pixel Zombies, você protegerá um dos assentamentos humanos. Você precisará destruir as hordas de zumbis que estão se movendo em sua direção. A estrada ficará visível na tela à sua frente. Os zumbis se moverão em sua direção em velocidades diferentes. Você precisará identificar os objetivos prioritários e começar a clicar neles com o mouse. Assim, você atacará os zumbis de sua escolha e os destruirá. Para cada inimigo que você matar, você receberá um certo número de pontos.