Em Fruit Doctor, como médico, você irá viajar para um reino mágico onde várias frutas convivem lado a lado com as pessoas. Você trabalhará em um hospital que trata dessas criaturas incríveis. Diante de você na tela você verá seu consultório no qual o paciente estará sobre a mesa. Pode ser qualquer fruta. Para iniciar o tratamento, você precisará diagnosticá-lo. Se você tiver alguma dificuldade no jogo, existe um help, que vai te mostrar a sequência de ações em forma de dicas. Depois de concluí-los, você pode curar seu paciente e passar para o próximo nível do jogo.