Até agora, Mario teve que lidar apenas com cogumelos do mal, caracóis e outros asseclas de seu eterno inimigo Bowser. Mas estas são apenas flores em comparação com o que o espera em Super Mario Commander. Um ataque insidioso do espaço foi feito inesperadamente no Mundo de Mario. Criaturas terríveis e cruéis, armadas até os dentes, causaram estragos no outrora pacífico reino. Mario terá que empunhar uma arma séria e desempenhar o papel de um super-herói. E para que ele tenha sucesso, ajude o encanador a dominar uma nova função para si mesmo. É necessário limpar as plataformas dos piratas espaciais e trazer o mundo de volta à terra em Super Mario Commander.