Na segunda parte de Ninja Dogs 2, você continuará ajudando um esquadrão de cães ninja a lutar contra os guardas do reino dos gatos. Hoje você tem que atacar seus castelos e capturá-los ou destruí-los. À sua frente, na tela, você verá uma determinada área em que os edifícios estarão localizados. Dentro dos edifícios, você verá gatos soldados. Um canhão será instalado a uma certa distância dos edifícios. Com sua ajuda, você atirará em seus cães de guerra e eles, tendo voado uma certa distância, se chocarão contra a parede do prédio e destruirão os gatos que o atacam. Para fazer isso, você precisará calcular as trajetórias de seus tiros. Após destruir todos os gatos, você receberá pontos e passará ao próximo nível do jogo.