No Reino do Cogumelo, problemas novamente, criaturas desconhecidas em máscaras e mantos invadiram a terra, e essas não são pessoas, mas aparentemente robôs que se opõem a todas as coisas vivas. Eles estão bem armados e as armas não são de origem terrestre. Mas nosso herói Mario também não pode faltar em Super Mario Mission Impossible. Ele está empunhando um poderoso blaster que dispara um feixe de laser mortal para destruir inimigos incomuns. Mas há apenas um encanador e muitos robôs, então corra em sua ajuda e destrua todos que o encontrarem em seu caminho. O herói se moverá constantemente e é importante não deixar o inimigo chegar muito perto em Super Mario Mission Impossible.