Na maioria das vezes, em jogos do gênero pássaros voadores, você precisa ajudar um ou outro pássaro a superar vias aéreas difíceis, voando por lacunas estreitas e tentando não bater em vários obstáculos. Em Flapi Smash, você fará tudo ao contrário. A tarefa é não perder um bando inteiro de pássaros que querem invadir seu site. Para fazer isso, você gerenciará obstáculos, fechando-os toda vez que um pássaro tentar deslizar para uma passagem aberta. Os próprios pássaros são os culpados, eles foram explicados que não vale a pena voar nessa direção, mas por algum motivo eles não ouvem e agora se culpam por Flapi Smash.