O bravo ninja de Kyoto, seguindo as instruções do chefe de sua ordem, deve ir para as Terras Sombrias e encontrar artefatos antigos lá. Você no jogo Ninja vs Zombies vai se juntar a ele nesta aventura. Seu herói precisará passar por muitos locais e superar vários perigos. Hordas de zumbis percorrem os locais com os quais seu herói terá que lutar. Entrando na batalha com eles, o herói usará várias armas. Destruindo os mortos-vivos, você ganhará pontos e também poderá coletar troféus que cairão deles. Com os pontos que você ganha, você pode comprar várias armas e munições para seu personagem na loja do jogo.