Os Pokémon estão de volta e você os encontrará no jogo Monster Box à medida que avança pelos níveis. O jogador atuará como treinador, mas as pokebolas tradicionais serão substituídas por cubos, porém, também contêm pequenos monstros. No nível, para completá-lo, você deve derrotar o monstro. Ou levá-lo ao boxe. Observe que a cor da caixa deve corresponder à cor do Pokémon. Se outro monstro começar a atacar você, jogue a caixa com seu monstro para que ele derrote o oponente. Cada nível terá sua própria situação. No qual você deve encontrar a solução certa para derrotar seu oponente e completar o nível na Monster Box.