Os habitantes de uma pequena vila japonesa estão constantemente sendo oprimidos pelo aristocrata local. Um samurai viajando pelo Japão decidiu ajudá-los. Para fazer isso, ele precisará se infiltrar na propriedade de um aristocrata e destruí-la. Você no jogo Mini Samurai Kurofune ajudará o samurai nesta aventura. Seu herói terá que entrar na propriedade que é guardada por mercenários ninja. Eles vão atacar seu personagem. Você controla as ações do herói vai lutar contra eles. Habilmente empunhando uma espada e usando técnicas de combate corpo a corpo, você terá que destruir todos os seus oponentes. Para isso, no jogo Mini Samurai Kurofune, você receberá pontos. Após a morte do inimigo, colete troféus que cairão dele.