Nosso resiliente encanador chamado Mario foi transportado através de um portal para a misteriosa ilha de Yoshi's Island. Agora nosso herói precisará encontrar o caminho de casa. Mario ficará visível na tela à sua frente, que, sob sua liderança, avançará pelo local. Ao longo do caminho, ele coletará moedas de ouro e outros itens espalhados. No caminho, falhas no terreno, obstáculos e outros perigos o aguardam. Alguns deles seu herói será capaz de contornar, através de outros perigos ele pode simplesmente pular. No final de cada nível na Ilha de Yoshi, um portal que leva ao próximo nível estará esperando por você.