Ninguém contesta as conquistas das Tartarugas Ninja e dos Power Rangers, porém, eles não concordam entre si e cada grupo afirma ser superior. Para saber quem é o melhor, os heróis decidiram organizar lutas entre si e começarão assim que você entrar no jogo Teenage Mutant Ninja Turtles VS Power Rangers: Ultimate Hero Clash. Você escolhe os lutadores que serão os primeiros a entrar na arena. Após uma série de batalhas, apenas um vencedor deve permanecer. Ninguém te obriga a torcer por alguém, você escolhe um herói para você e vai promovê-lo, ajudando a derrotar todos os rivais em Teenage Mutant Ninja Turtles VS Power Rangers: Ultimate Hero Clash.