Um ninja dedica várias horas todos os dias ao treinamento, e isso é necessário para não perder a forma e não perder o prestígio em um momento crítico. O herói do jogo Jungle Runner é um guerreiro habilidoso e experiente, mas seu treinamento não o satisfaz mais, é muito fácil para ele, o que significa que ele não se desenvolve. Portanto, o herói decidiu entrar na selva e fazer uma corrida vertical por entre as árvores. O herói subirá com uma velocidade incrível, e sua tarefa é garantir que ele não colida com nada nem ninguém. Acontece que nosso ninja não está sozinho na selva, além disso, as abelhas mutantes em Jungle Runner tentarão detê-lo.