O herói do jogo Shinobi Swarm empunhará todos os tipos de armas brancas e, com sua ajuda, aprenderá rapidamente super habilidades e será capaz de repelir ataques de um enxame de monstros. Isso é necessário para sobreviver, caso contrário o shinobi enfrentará a morte certa. Ele chegou ao deserto para reconhecimento, sua principal atividade é a espionagem, o ninja não está acostumado a chamar a atenção para si agindo silenciosamente. Porém, desta vez as coisas saíram do controle. Os monstros sentiram carne viva e não puderam ser detidos. Entre os ataques, escolha super habilidades ou super armas para sobreviver no Shinobi Swarm.
