O jogo Alien Quarantine se passa no território de um laboratório secreto onde são realizados experimentos em criaturas alienígenas capturadas. Um dos alienígenas conseguiu se libertar, libertou os demais e o verdadeiro caos começou no laboratório. O herói do jogo Alien Quarantine é enviado em reconhecimento, mas se depara com um inimigo perigoso. Ele precisa restaurar o sistema de segurança para evitar que monstros invadam outros setores. Para isso, é necessário ativar diversos dispositivos, movimentando-se e atirando, desviando de ataques alienígenas.
