No Japão antigo, havia templos especiais nos quais eles preparavam guerras como os ninjas. Você no jogo Ninja Runs 3d vai a um deles e ajuda um ninja a passar por vários tipos de treinamento. Hoje, seu herói terá que percorrer uma pista de obstáculos especialmente construída junto com outros ninjas e chegar primeiro à linha de chegada. Você gerenciará suas ações. Você precisa pular muitos obstáculos, escalar vários obstáculos e executar muitas outras ações que ajudarão seu ninja a vencer a competição.