Mario não está entusiasmado com o Halloween, porque geralmente nessa época todos os espíritos malignos são ativados nas extensões do Mushroom Kingdom e Bowser libera todos os seus asseclas para fazer uma bagunça. Em Super Mario Flash Halloween Version, você ajudará Mario a encontrar todos os vilões e acabar com eles pulando de cima. Todos os amigos do herói e até o irmão de Luigi se escondem em casa e não metem o nariz para fora, só que o bravo encanador não tem medo de ninguém. E há uma razão para isso - é você, o jogador ágil, que controlará o herói e não o deixará cometer erros em Super Mario Flash Halloween Version.