As aventuras de Mario continuam em Super Mario Flash 2. sua missão anterior para salvar a Princesa Peach foi bem-sucedida, mas o herói não teve que descansar sobre os louros por muito tempo. A pobre princesa foi sequestrada novamente e desta vez foi feita por um dragão. Ele colocou o cativo na torre e exige submissão completa do Reino do Cogumelo. Mario ainda não teve tempo de descansar, mas voltou a pegar a estrada. Desta vez ele terá que enfrentar mais inimigos, eles atacarão em massa. Seja rápido e ágil ao pular na cabeça dos seus inimigos e destruí-los em Super Mario Flash 2.