O alegre e corajoso encanador Super Mario decidiu hoje ajudar o rei e resgatar a princesa que foi raptada pelo mago das trevas. Você em Super Mario Advance terá que ajudá-lo com isso. Seu personagem ficará visível na tela à sua frente, que estará em um determinado local. Usando as teclas de controle, você o fará correr para frente e coletar vários objetos e moedas de ouro espalhadas por todo o lugar. No caminho, você encontrará buracos no chão e vários tipos de armadilhas que Mario, sob sua orientação, terá que pular. Você também encontrará vários monstros. Seu herói pode matá-los se pular sobre suas cabeças. Para matar cada monstro, você receberá pontos.